Diagnostiek naar een JC virus infectie berust op het aantonen van viraal DNA in liquor, plasma of ander materiaal. Bepalingen van antistoffen tegen JC virus zijn in Nederland nog niet beschikbaar. Serologische screening van MS-patienten die in aanmerking komen voor tysabri wordt georganiseerd via de fabrikant van dit middel (BiogenIdec). JC virus kan reactiveren in immuungecompromitteerde patiënten en is in die omstandigheden geassocieerd met Progressieve Multi-focale Leuko-Encefalopathie (PML). In sporadische gevallen is JC virus ook geässocieerd met een interstitiele nefritis.