Hepatitis E virus (HEV) veroorzaakt een acute virale hepatitis vergelijkbaar met HAV. De diagnostiek naar een infectie met HEV berust op het aantonen van antistoffen tegen HEV in serum. Omdat in de vroege fase van de infectie, in het bijzonder bij immuungecompromitteerde personen, antistoffen niet aantoonbaar hoeven te zijn is het zinvol om daarnaast onderzoek te doen naar de aanwezigheid van HEV RNA in EDTA-plasma middels PCR. Soms kan hiervoor ook faeces gebruikt worden. HEV komt in Nederland voor als importziekte maar er zijn ook aanwijzingen voor een endemische vorm van Hepatitis E die kan optreden bij patiënten zonder een recente reisanamnese. Mogelijk bestaat hier een verband met HEV transmissie onder varkens.
Ernstige HEV-infecties kunnen optreden bij immuungecompromitteerde patiënten. Bij deze patiënten kan een infectie gemonitord worden d.m.v. de virale loadbepaling van HEV.