De diagnostiek naar een enterovirus en/of parechovirus infectie berust voor alles op het aantonen van specifiek RNA middels een PCR-bepaling in EDTA-plasma, liquor, blaasjes of ander materiaal. De PCR bepaling is de meeste gevoelige en specifieke methode om een entero- of parechovirusinfectie aan te tonen.
Door moleculaire technieken zoals PCR is de rol van serologische technieken steeds meer op de achtergrond gekomen. Serologie ten tijde van een recente infectie heeft weinig directe consequenties voor het klinisch beleid en wordt op ons laboratorium niet meer uitgevoerd.